Windows 98 System Update contiene aggiornamenti che consentono di risolvere problemi relativi ad esempio ad Active Accessibility e a Universal Serial Bus (USB),
Networking Updates: aggiornamento delle funzioni di rete;
Windows Continuous-Operation Fix: patch che risolve il crash di Windows 98 dopo 49,7 giorni di funzionamento continuato;
Other Issues: aggiornamento per la nuova numerazione telefonica adottata in Spagna ed Italia, aggiornamento del Microsoft System Information che viene reso simile a quello di Windows 98 SE e aggiornamento riguardante i driver. Attenzione non installare Windows 98 System Update se il sistema installato è Windows 98 Second Edition in quanto questa versione del sistema operativo contiene già tutte le migliorie presenti e anche altre nuove funzioni.